Псевдоним главной героини, работающей в 9 отделе МВД Японии. Попав в авиационную катастрофу (в 6 лет) и потеряв родителей, находилась в коме до тех пор (2 года), пока не стало ясно, что она умрет без полной кибернетизации тела, перенесла трансплантацию мозга, одной из первых стала практически 100%-м киборгом; только её мозг и один сегмент спинного мозга человеческие и помещены в защитную оболочку, обеспечивающую жизнеобеспечение, взаимодействующую с её телом и расширяющую функциональность мозга — т. н. кибермозг. В первом фильме, расследуя дело Project 2501 (Puppet Master), чье тело было построено на той же фабрике, что и её, начала сомневаться, действительно ли её сущность, её «призрак», душа, являются человеческими.

Давно забыв своё истинное имя, Мотоко на протяжении своей жизни научилась управлять своим искусственным телом в совершенстве, что сделало её первоклассным оружием (отсюда и псевдоним «Кусанаги», то есть «поражающий меч»). За свои выдающиеся способности в военном исскустве получила прозвище "майор". После окончания военной карьеры она перешла в МВД, где был создан специальный отдел по борьбе с терроризмом и компьютерной преступностью. Её кибермозг буквально позволяет «нырять» в компьютерные сети, высокопрочное тело, весом в 2 центнера, с титановым скелетом, а также женские половые органы, которые годятся для получения сексуального удовольствия. Бисексуальна, 2 постоянных любовницы лет 20-ти, которые лет на 15-20 моложе её самой, но не брезгует мужчинами. Склонна к эксгибиционизму. Кибертело не подвержено старению, поэтому Кусанаги выглядит значительно младше своих 35-40 лет.

Кусанаги неплохо владеет Тхэквондо, прекрасно стреляет и к тому же является первоклассным хакером. Её способности не позволяют идентифицировать себя с людьми. Кроме того, жизнь, полная убийств и насилия, и полное одиночество ведут к глубокому душевному конфликту, имеющему явно нигилистическо-депрессивный характер. Никакой возможности покинуть Отдел у неё нет: она стала заложником собственного тела, которое теперь принадлежит государству[источник?]. Несмотря на совершенное тело, её иногда преследуют воспоминания детства, например, как она, не привыкнув еще к кибертелу и не рассчитав силы, нечаянно сломала куклу, сжав её в кулаке.

В зависимости от ситуации у неё были разные "доспехи", но она предпочитает тела, похожие на молодых женщин. Презирает мужчин, которым нужны женщины только для удовольствия и домашней работы. Неравнодушна к Бато и к Арамаки, часто забывает о своих любовницах, одна из которых работает в больнице. Она тяжело перенесла привыкание к кибернетическому телу в детстве, поэтому переживает за других детей с кибертелами. Несколько раз синхронизировала свою память с чужой, получая новый жизненный опыт.